Trunchiul cerebral poseda o mare densitate de structuri vitale, inghesuite intr-un volum mic: nucleii nervilor cranieni si o parte din fibrele acestora; tracturi senzoriale ascendente, care urca de la maduva catre talamus si cortex; cai motorii descendente corticale si subcorticale destinate trunchiului cerebral si maduvei spinarii; formatiunea reticulata cu centrii autonomi care controleaza respiratia, presiunea sanguina, functiile gastro-intestinale nucleii pentru trezire si starea vigila.
Datorita acestor particularitati structurale, leziunile trunchiului cerebral sunt extrem de multe si pot fi foarte complexe, in functie de localizare, de extensie si de profunzime.
Cele mai cunoscute si cu repercusiuni adesea fatale sunt: tumorile, abcesele cerebrale si hemoragiile cerebrale. Aceste leziuni produc multiple, diverse sindroame cerebrale, cu manifestari specifice, dintre care cele mai cunoscute sunt: paraliziile unor segmente faciale la nivelul pleoapei, la nivelul limbii sau la nivelul diferitilor muschi faciali, in functie de nervul cranian implicat, absenta sau modificarea reflexelor pupilare sau palpebrale, pierderea sau modificarea sensibilitatii cutanate si mucoase, profunde sau superficiale, modificarea vocii, a deglutitiei, a reflexului faringian, modificari ale tonusului muscular la nivelul capului, gatului, umerilor si portiunii superioare a bratelor.