Clasamentele au fost realizate pe baza articolelor stiintifice publicate de personalul universitatilor in reviste stiintifice recunoscute pe plan international, indexate de ISI Web of Science in 2006. ISI reprezinta institutia cea mai recunoscuta pe plan international in domeniul monitorizarii si recenzarii publicatiilor stiintifice. Acest indicator este folosit si in prestigioase clasamente internationale ale universitatilor, cum ar fi clasamentul Shanghai.
In realizarea clasamentului au fost luate in considerare toate universitatile din Romania, atat de stat, cat si private.
1. Universitatea Alexandru Ioan Cuza Iasi
2. Universitatea Babes-Bolyai Cluj Napoca
3. Universitatea Bucuresti
4. Universitatea Politehnica Bucuresti
5. Universitatea Tehnica Gheorghe Asachi Iasi
6. Universitatea de Vest Timisoara
7. Universitatea Valahia Targoviste
8. Universitatea Politehnica din Timisoara
9. Universitatea Tehnica din Cluj-Napoca
10. Universitatea din Craiova
11. Universitatea Dunarea de Jos Galati
12. USAMV Ion Ionescu de la Brad Iasi
13. Universitatea Aurel Vlaicu Arad
14. UMF Victor Babes Timisoara
15. Universitatea Constantin Brancusi Targu Jiu
16. Universitatea Ovidius Constanta
17. Universitatea Petrol-Gaze Ploiesti
18. UMF Iuliu Hatieganu Cluj Napoca
19. Universitatea din Bacau
20. USAMV Bucuresti
21. USAMV a Banatului Timisoara
22. UMF Grigore T. Popa Iasi
23. Universitatea Tehnica de Constructii Bucuresti
24. USAMV Cluj-Napoca
25. Universitatea din Pitesti
26. Academia Navala Mircea cel Batran Constanta
27. Universitatea din Oradea
28. Universitatea Petre Andrei Iasi
29. Scoala Nationala de Studii Politice si Administrative Bucuresti
30. Universitatea Transilvania Brasov
31. Academia Tehnica Militara Bucuresti
32. UMF Carol Davila Bucuresti
33. Universitatea de Nord Baia Mare
34. Universitatea Danubius Galati
35. Universitatea Emmanuel Oradea
36. UMF din Targu Mures
37. Universitatea Avram Iancu Cluj Napoca
38. Universitatea Romana de Stiinte si Arte Gh. Cristea Bucuresti
39. Universitatea Lucian Blaga Sibiu
40. Universitatea Sapientia Miercurea Ciuc
41. Universitatea Stefan cel Mare Suceava
42. Academia de Studii Economice Bucuresti
43. Universitatea Petru Maior Targu Mures
44. Universitatea Ecologica Bucuresti
45. Universitatea Hyperion Bucuresti
46. Universitatea 1 Decembrie 1918 Alba Iulia
47. UMF din Craiova
48. Universitatea Titu Maiorescu Bucuresti
49. Universitatea Spiru Haret Bucuresti
In clasamentul general ordonarea s-a pe baza numarului total de articole, raportat la numarul de cadre didactice ale universitatii. Acest indicator este menit sa reflecte gradul mediu de pregatire stiintifica al cadrelor didactice. Publicarea de articole in reviste stiintifice recunoscute de comunitatea internationala de catre un cadru didactic garanteaza faptul ca acea persoana este la curent cu ultimele cunostinte stiintifice din domeniu, si demonstreaza capacitatea de a intelege aceste cunostinte si de a participa la dezvoltarea lor. Raportarea numarului de articole la numarul de cadre didactice permite masurarea in conditii egale a gradului de pregatire stiintifica atat pentru universitatile mari, cat si pentru universitatile mici.
In tarile occidentale fiecare cadru didactic din universitatile care pretind ca fac cercetare, publica, in medie, un articol pe an. Aceasta diferenta explica de ce nicio universitate din Romania nu se situeaza printre primele 500 de universitati ale lumii, conform clasamentului Shanghai, in timp ce in acelasi top se regasesc doua universitati din Polonia, doua din Ungaria si una din Cehia.