Din perspectiva ingineriei mediului in agricultura, sistemul agroalimentar este privit ca un peisaj teritorial reprezentand exploatatii si intreprinderi agricole, in combinatie, sau nu, cu unitati de procesare alimentara si chiar de
comercializare, precum si ferme si pensiuni agroturistice integrate, de sigur, in arealul natural aferent. Problema de fond care se ridica este legata de impactul de mediu pe care aceste elemente alcatuitoare ale sistemului (agroecosistemului) le au in dinamica peisajului respectiv.
Cunoscand structura agroecosistemelor si principiile functionale relevate de agroecologie, baza de pornire intr-o analiza legata de strategiile protectiei mediului nu poate face abstractie de cele trei fluxuri (adica, substanta, energie si informatie) omniprezente in aceste sisteme. in esenta, fluxul de substante (circulatia materiei) este sporit in agroecosisteme fata de ecosistemele naturale prin utilizarea de ingrasaminte chimice si atragerea in circuitele biogeochimice a pesticidelor.
