Denumirea de enzima a fost utilizata abia in 1877, desi cu mult inainte se banuia ca la baza fermentatiei alcoolice stau catalizatori de natura biologica, de unde provine si denumirea de fermenti. Prima teorie asupra catalizei a fost elaborata de catre J. J. Berzelius in 1835 si continea ca exemplu diastaza din malt, subliniindu-se ca hidroliza amidonului este mai eficienta in prezenta diastazei decat in prezenta acidului sulfuric.



Majoritatea enzimelor implicate in caile biologice de baza ale organismelor vii au fost identificate, ramanand inca nerezolvate o serie mare de probleme cum ar controlul genetic de sinteza de coenzime, mecanismele moleculare de reglare a activitatii acestora si problema majora neelucidata, si anume, cum reusesc aceste enzime sa catalizeze reactii biologice atat de rapid, eficient, precis si specific.

DENUMIREA sI CLASIFICAREA ENZIMELOR
Multe enzime au fost numite dupa numele substratului caruia i se adauga sufixul "aza". De exemplu, ureaza catalizeaza reactia de hidroliza a ureei in dioxid de carbon si amoniac, arginaza catalizeaza hidroliza argininei in ornitina si uree iar fosfataza hidroliza esterilor fosforici. Multe enzime au primit denumiri sugestive, cum ar fi pepsina, tripsina si catalaza. Noul sistem de denumire imparte enzimele in sase clase mari si in subgrupe de clase. Fiecare enzima are o denumire comuna si potrivita pentru folosirea curenta, o denumire sistematica care indica tipul de reactie catalizata si un numar de clasificare utilizat atunci cand este nevoie.