Exista insa situatii, in care obiectivul auditului il constituie surprinderea unor persoane in afara cerintelor in vederea demiterii acestora, iar auditul se realizeaza neanuntat.
Auditorul sef stabileste modul de derulare a auditului prin planificarea activitatilor, urmarind o anumita strategie.
Din acest punct de vedere, intr-o prima abordare, auditul poate fi orizontal, in care se urmareste un anumit aspect al obiectului auditului in toate compartimentele organizatiei, si auditul vertical, in care se urmaresc toate aspectele obiectului auditului in fiecare compartiment auditat.
Regula de baza in desfasurarea auditului o constituie urmarirea activitatilor in succesiunea lor fireasca, spre exemplu: contractare, proiectare, omologare, executie, livrare.
In vederea bunei desfasurari a auditului este necesara folosirea unui document de verificare, prin care se controleaza daca au fost culese toate informatiile necesare, inaintea de auditarea unei alte activitati.
Auditorul trebuie sa fie familiarizat cu activitatile functiei auditate a sistemului calitatii, procedurile si documentatiile utilizate, clauzele adecvate ale standardului.
Auditorul va pregati o lista de verificari a compartimentelor vizitate, impreuna cu intrebarile pe care le va pune si operatiile si documentatiile care urmeaza sa le vada. Subiectele auditului vor include si auditurile precedente ale compartimentului vizitat.
Compartimentele care necesita investigatii speciale sunt cele care nu au foste verificate recent, cele care au fost verificate anterior si in care au fost gasite deficiente, precum si cele in care sunt cunoscute deficientele sau se suspecteaza ca acestea exista.
Auditorul trebuie sa il faca pe auditat sa fie constient in avans de domeniul auditului si sa specifice ce se asteapta de la el.