Datorita diversitatii proprietatilor fiziologice ale m.o., respectiv capacitatea lor de a se adapta la conditii de mediu diverse, m.o se gasesc peste tot raspandite pe planeta dar si acolo unde se gasesc conditii minime de existenta. Ca regula generala, grupuri particulare de m.o. s-au colonizat de-a lungul evolutiei in habitate specifice si sunt permanent intalnite in habitaturi, deoarece acolo au conditiile cele mai prielnice de viata.
Exista m.o. extremofile, respectiv m.o. care s-au adaptat la conditii cu temperaturi foarte scazute (ghetari) sau la temperaturi foarte ridicate. De asemenea, sunt m.o. care s-au adaptat la pH-uri extreme (pH 1÷2 apele de mina, pH puternic alcalin 10÷11). Sunt m.o. adaptate la presiuni foarte inalte si sunt m.o. care traiesc pe fundul oceanelor.
Exista m.o. extremoosmofile, fiind adaptate la conditii de zahar si sare crescute. Aceste m.o. sunt cunoscute si utilizate in biotehnologie.
Raspandirea m.o. in natura depinde de factorii fizici, chimici si biologici. Dintre factorii de care depind m.o. sunt temperatura, prezenta apei, prezenta substantelor nutritive, rH, pH, rezistenta si capacitatea de adaptare.
Totalitatea m.o. dintr-un habitat constitue o comunitate care poarta denumirea de microbiota sau microflora.
