In anul 1699, potrivit tratatului semnat la Karlovitz, la incheierea ostilitatilor dintre cele doua mari puteri militare din zona polonezii trebuiau sa paraseasca cetatile si manastirile din Moldova, iar turcii sa elibereze Camenita si teritoriul ocupat in Ucraina. in acelasi timp, turcii se obligau sa nu refaca cetatile din Moldova, pe care trebuiau sa n-o transforme in pasalac. Cativa ani mai tarziu, Antioh Cantemir (1705-1707), pentru a grabi plecarea polonilor a trimis o armata in frunte cu Lupu Costachi la Suceava si la Neamt si "scoasera pre toti lesii din tara". In timpul luptelor, orasul de la poalele cetatii a suferit mari distrugeri, atat in ceea ce priveste constructiile civile, cat si cele religioase: Biserica Domneasca "Sf. Dumitru", Biserica "Adormirea Maicii Domnului" ridicata de Gheorghe Ştefan si biserica catolica.



Timp de peste un deceniu de acum inainte, Cetatea Neamtului nu mai apare decat in documentele ce se refera la manastirea Sf. Nicolae din cetate, de mult timp subordonata fata de Manastirea Secu. Va reveni in actualitate odata cu izbucnirea razboiului austro-turc din 1716-1718, care s-a desfasurat si pe teritoriul Moldovei. Partida austrofila, in frunte cu Vasile Ceaurul, un nepot de-al fostului domn Gheorghe Ştefan, a incercat eliberarea tarii de turci cu ajutorul austriecilor. Un corp expeditionar austriac, condus de francezul François Ernaut de Lorena, trece muntii si ocupa Cetatea Neamt, cateva manastiri intarite (Casin, Mira, Sucevita) si ajunge pana la Campulung.