Deschiderea larga la ocean precum si numarul mare de rauri si lacuri fac din Africa un continent cu resurse importante de peste. Pestii sunt prinsi cu sulita sau plasa din barci cu motor sau canoe, iar in unele tari ca Senegal si Maroc cu flote de barci de pescuit. Cultura de peste este practicata in zone de savana unde apa poate fi retinuta pe tot timpul anului. Dintre tarile Africii, Africa de Sud, Nigeria, Tanzania, Namibia, Senegal, Maroc, Ghana si Uganda prind cel mai mult peste, dar un numar si mai mare este prins de Japonia, Rusia si SUA in apele africane. Tratate de pescuit, cum este cel intre Kenya si Japonia se intalnesc din ce in ce mai des. Pentru a proteja apele teritoriale africane s-au facut propuneri pentru ca acestea sa fie extinse de la 12 la 200 mile in larg si de asemenea pentru intarirea pazei navale pentru a descuraja pescuitul ilegal.

Unele rauri, cum ar fi Nilul, Congo si Niger, sunt foarte lungi si navigabile in interiorul continentului, dar nu si spre varsare, lucru care limiteaza legaturile de transport spre exterior pe rauri. Cu toate acestea, ele detin 23 la suta din potentialul hidroenergetic al planetei, numai 2 la suta din acest potential este folosit. Printre cele mai mari baraje se numara Kariba pe raul Zambezi intre Zambia si Zimbabwe, barajul Aswan High pe Nil in Egipt, Akosombo pe raul Volta si Cabora Bassa in Mozambic.