Ofensiva otomana in Europa a fost stopata sub zidurile Vienei, cand, in 1683 austriecii au pus capat cu ajutor polonez asediului Vienei si au inceput o contraofensiva rapida spre est. in 1686 a fost recucerita Buda, iar in 1699 tratatul de la Karlowitz consfinteste anexarea teritoriului Ungariei, cu exceptia Banatului. Expansiunea monarhiei habsburgice a fost insotita de o puternica propaganda catolica, parte a contrareformei, ce viza recatolicizarea teritoriilor reformate (ceea ce nu putea fi facut decat prin conversia populatiilor protestante si ortodoxe). Unirea unor biserici rasaritene cu Roma a fost o metoda de convertire a populatiilor ortodoxe compacte. La 26 iunie 1686, prin tratatul de la Viena, Transilvania a acceptat protectia Casei de Habsburg, iar imparatul recunoaste pe principele calvin Apafi.Din acest moment Transilvania iesea din sfera de influenta otomana. in primavara anului 1688, cand reprezentantii Transilvaniei au semnat declaratia de fidelitate si supunere fata de imparat, provincia avea - din punctde vedere religios - caracter protestant, de nuanta calvina, aceasta datorita, cu deosebire, faptului ca, in ultimele opt decenii, principii care au stapanit-o au fost adepti fanatici ai calvinismului .



Pe langa cele trei biserici protestante, libere si privilegiate, calvina, luterana si unitariana, mai existau, inca, cea catolica, ramasa atat de slabita in urma Reformei si cea romaneasca, orientala, impilata si abia tolerata. Desi legal si formal religia catolica era intre religiile recepte, Episcopia catolica de Alba Iulia fusese desfiintata din 1566, catedrala ocupata de reformati, averile confiscate si calugartii obligati sa paraseasca tara . Catolicii nu aveau episcop si nici cel putin un vicar. Prigonit si lipsit de orice sprijin al statului, catolicismul a fost redus la cateva parohii secuiesti. Disciplina clerului catolic, ramas fara autoritate superioara, a lasat foarte mult de dorit, preotii violand cu deosebire disciplina celibatului .

Conducatorii Transilvaniei voiau sa mentina in continuare aceasta stare de lucruri si sub habsburgi, cerand autonomia completa a provinciei in frunte cu principe calvin si cu respectarea drepturilor bisericilor, asa cum se gaseau ele pe timpul lui Gabriel Bethlen, ba mai mult, in afara de asigurarea data de imparat, drepturile provinciei sa fie puse si sub protectia unor state protestante: Anglia, Suedia, Danemarca, Prusia, Olanda si Elvetia. Moartea lui Mihai Apafi I la 15 aprilie 1690 si numirea de catre turci, in locul urmasului si fiului acestuia, Mihai Apafi II, a lui Emeric Tököly, acesta cu curutii sai si avand alaturi pe turci - si silit de acestia - , si pe Constantin Brancoveanu, infrange la 11 august ostile imperiale la Tohan-Zarnesti, iar la 8 octombrie turcii ocupa Belgradul .