Suprafata totala a fondurilor de ape al R. Moldova este de 92,8 mii ha sau 2,7% din fondul funciar (Cadastrul funciar...2000). Teritoriul este drenat de 3085 cursuri permanente si temporare de apa, majoritatea absoluta ale acestora fiind foarte mici - 92% au lungimea sub 10 km si doar 8 rauri au peste 100km lungime: Nistru, Prut, Raut,Cogalnic, Bac, Iaplug si Ichel. Pe un sector de cca 0,8 km teritoriul este scaldat de apele Dunarii (langa satul Giurgiulesti, jud. Cahul).

Pe teritoriul RM sunt 57 lacuri naturale cu o suprafata totala de 62,2 km2. Mult mai mare este numarul lacurilor de acumulare si al iazurilor, ce acopera o suprafata de 32 mii ha. Au fost construite 82 lacuri de acumulare, cele mai mari fiind indicate in tabel. Pe teritoriul Moldovei au fost construite doua bazine de acumulare: unul in 1956 pe Nistru la Dubasari si altul in 1980, pe Prut, la Costesti-Stanca. Bazinul de la Dubasari ocupa o suprafata de 67,5 km3 si acumuleaza 277 mln. m3 de apa; adancimea medie este de 4,5 m, iar cea maxima de 19,5 m in apropierea digului.